Учитывая все эти схемы, то это наверное Вашему руководству виднее, можете с ними переговорить. Но попробую разобраться.
Официально у Вас минималка, значит в обычных обстоятельствах с этой суммы взымается 19.5% налога, остаток подлежит выдаче Вам, но видимо по обоюдному согласию обналичивается начальством в их пользу. Скорее всего, Вас иногда просят расписаться в ведомостях якобы о получении этой з/п или просто подделывают Вашу подпись. Или отправляется на какие-то сторонние реквизиты, якобы принадлежащие Вам/с Вашего согласия. Хорошее отмывание денег, но мы не об этом)
Что происходит с наличием ИЛ? Бухгалтерия должна из Вашего официального дохода взыскать до 20%, если все ИП по одной категории (есть мнения, что до 50%, но в контексте нашего вопроса это не суть) и отправлять исполнителю.
И тут два варианта:
1) т.к. на самом деле Вы свою минималку не получаете, а она как-то присваивается работодателем, то эти 20-50% становятся его потерей. Станет ли он убеждать Вас что-либо компенсировать - это уже личные вопросы вне закона. Но по логике, такое возможно.
2) работодатель может проигнорировать эти исполнительные документы на свой страх и риск, не отчисляя ничего - такие случаи тоже есть, насколько помню
Danik в других темах рассказывал о подобном. Тогда на Вас это никак не отразится.
Как-то так это всё происходит в Вашем случае. Пообщайтесь с работодателем, он уточнит что и как, так сказать со своей колокольни.
